Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Agama Hindu Amlapura secara historis tidak dapat dipisahkan dari keberadaan Sekolah Pendidikan Guru Agama Hindu swasta di bawah naungan PGAHN  yang ada sejak tahun 1968.  Pada tahun 1968 ada tiga PGAH Negeri di Indonesia yaitu PGAHN Denpasar, PGAH Singaraja, PGAHN Mataram, dan ada 12 buah PGAH swasta yang tersebar di seluruh Indonesia. Salah satunya ada di Kabupaten Karangasem.

Dalam rangka meningkatkan sumber daya manusia khususnya di bidang pendidikan, dikeluarkanlah UU RI No. 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah No. 30 tahun 1990 tentang Pendidikan Tinggi. Dalam UU RI tersebut diisyaratkan bahwa seorang guru Agama harus berpendidikan tinggi minimal setingkat Diploma 2 (D2) untuk guru-guru SD dan Diploma 3 (D3) untuk guru-guru SLTP. Sejak tahun ajaran 1990-1991, PGAH tidak diperkenankan lagi menerima siswa baru karena akan dialihfungsikan menjadi lembaga pendidikan tinggi.

Berdasarkan situasi yang demikian, melalui Koordinator Kopertis Wilayah VIII Denpasar Yayasan Perguruan Parisada Amlapura pada tahun 1984 mengusulkan, berdirinya lembaga pendidikan Tinggi Hindu yang disebut Akademi Pendidikan Guru Agama Hindu (APGAH), selanjutnya berubah menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Guru Agama Hindu Amlapura, yang disingkat STKIP Agama Hindu Amlapura. Tahun 1986 keluar keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan Surat Keputusan No. 0814/0/1986 tertanggal 19 November 1986. SK Mendikbud tersebut merupakan dasar hukum eksistensi STKIP Agama Hindu Amlapura Jenjang SI. Oleh karena itu,  sejak tahun 1986 STKIP Agama Hindu Amlapura hanya mengelola jenjang strata 1 (S1) dengan Progran Studi Pendidikan Agama Hindu, dan tahun 2010 menambah lagi satu Prodi yaitu : Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Agama Hindu (Kosentrasi Bahasa Bali)